Pengadilan Negeri Labuha dahulu berada di bawah Pengadilan Tinggi Makasar, kemudian di bawah Pengadilan Tinggi Ambon dan sekarang di bawah Pengadilan Tinggi Maluku Utara.Wilayah Hukum pengadilan Negeri Labuha pada waktu berada di bawah Pengadilan Tinggi Ambon meliputi beberapa kecamatan dalam wilayah Kabupaten Maluku Utara, Yaitu:

1.         Kecamatan Bacan

2.         Kecamatan Obi

3.         Kecamatan Sanana

4.         Kecamatan Sulabesi

5.         Kecamatan Mangoli

6.         Kecamatan Taliabu

Berdasarkan Undang-Undang Nomor 46 Tahun 1999 dibentuk Propinsi Maluku Utara dan wilayah hukum Pengadilan Negeri Labuha termasuk dalam wilayah hukum Maluku Utara. Berdasarkan Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2003 dibentuk Kabupaten Halmahera Selatan, Kabupaten Kepulauan Sula, Kabupaten Halmahera Timur dan Kota Tidore Kepulauan di Propinsi Maluku Utara. Berdasarkan undang-undang tersebut, Labuha ditetapkan sebagai ibukota Kabupaten Halmahera Selatan. Berdasarkan Undang-undang Nomor 11 tahun 2004 tentang Pembentukan pengadilan Tinggi Maluku Utara, Pengadilan Negeri Labuha termasuk dalam wilayah hukum Pengadilan Tinggi Maluku Utara. Berdasarkan ketentuan Pasal 4 Ayat (1) Undang-Undang Nomor 2 Tahun 1986 tentang peradilan Umum sebagaimana telah dirubah dengan Undang-Undang Nomor 8 Tahun 2004 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 2 Tahun 1986 tentang Peradilan Umum, bahwa: “Pengadilan Negeri berkedudukan di Ibukota Kabupaten /Kota dan daerah hukumnya meliputi wilayah Kabupaten/Kota”.

Dengan berlakunya Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2003 tentang Pembentukan Kabupaten Halmahera Utara, Kabupaten Halmahera Selatan, Kabupaten Kepulauan Sula, Kabupaten Halmahera Timur, dan Kota Tidore Kepulauan di Propinsi Maluku Utara, maka wilayah hukum Pengadilan Negeri Labuha adalah meliputi seluruh wilayah Kabupaten Halmahera Selatan dan seluruh wilayah Kabupaten Kepulauan Sula. Dengan demikian beberapa wilayah kabupaten Halmahera Selatan yang dahulu menjadi wilayah Hukum Pengadilan Negeri ternate , yaitu : Kecamtan Gane Timur, Gane Barat, Kayoa, dan Makian, sejak berlakunya Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2003 menjadi wilayah hukum Pengadilan Negeri Labuha. Hal tersebut diperkuat dengan fakta bahwa di Kabupaten Halmahera Selatan dan Kepulauan Sula masing-masing telah dibentuk Kepolisian Resort (Polres) dan Kejaksaan Negeri (Kejari) yang wilayahnya meliputi masing-masing Kabupaten. Wilayah hukum Pengadilan Negeri Labuha merupakan wilayah kepulauan, yaitu sekitar ¾ wilayahnya adalah lautan, dengan batas-batas sebagai berikut:

1.     Utara      : Wilayah Kota Ternate dan Tidore serta Sulawesi Utara

2.     Timur      : Wilayah Kabupaten Raja Ampat dan Sorong Propinsi Papua Barat

3.     Selatan   : Wilayah Pulau Buru Kabupaten Laut Banda Propinsi Maluku

4.     Barat      : Wilayah Kabupaten Banggai Kepulauan Sulawesi Tengah

Wilayah hukum Pengadilan Negeri Labuha meliputi 3 (tiga) wilayah Kabupaten yaitu Kabupaten Halmahera Selatan, Kabupaten Kepulauan Sula dan Kabupaten Taliabu. Setelah peresmian operasionalisasi 85 (delapan puluh lima) Pengadilan baru pada tanggal 22 Oktober 2018 di Melounguane, Kabupaten Kepulauan Talaud, Provinsi Sulawesi Utara, Wilayah hukum pengadilan Negeri Labuha hanya meliputi wilayah Kabupaten Halmahera Selatan yang tebagi dalam 30 (tiga puluh) kecamatan, yaitu :

1.         Kecamatan Obi Selatan

2.         Kecamatan Obi

3.         Kecamatan Obi Barat

4.         Kecamatan Obi Timur

5.         Kecamatan Obi Utara

6.         Kecamatan Bacan

7.         Kecamatan Mandioli Selatan

8.         Kecamatan Mandioli Utara

9.         Kecamatan Bacan Selatan

10.      Kepulauan Batang Lomang

11.      Kecamatan Bacan Timur

12.      Kecamatan Bacan Timur Selatan

13.      Kecamatan Bacan Timur Tengah

14.      Kecamatan Bacan Barat

15.      Kecamatan Kasiruta Barat

16.      Kecamatan Kasiruta Timur

17.      Kecamatan Bacan Barat Utara

18.      Kecamatan Kayoa

19.      Kecamatan Kayoa Barat

20.      Kecamatan Kayoa Selatan

21.      Kecamatan Kayoa Utara

22.      Kecamatan Pulau Makian

23.      Kecamatan Makian Barat

24.      Kecamatan Gane Barat

25.      Kecamatan Gane Barat Selatan

26.      Kecamatan Gane Barat Utara

27.      Kecamatan Kepulauan Joronga

28.      Kecamatan Gane Timur

29.      Kecamatan Gane Timur Tengah

30.      Kecamatan Gane Timur Selatan